Aan het eind van fase II wordt door de indicatiegerichte werkgroep de gelijkwaardigheid (klinisch relevante verschillen) en dosisequivalentie van de geneesmiddelen bepaald. In fase III wordt door de
Commissie Doelmatigheid vorm gegeven aan de doelmatigheid. De Commissie Doelmatigheid selecteert in deze fase bij gelijkwaardige middelen tot maximaal drie middelen op basis van prijs, kosten en actuele kennis van marktontwikkelingen. Daarna wordt binnen de geselecteerde gelijkwaardige (groepen van) middelen de meest doelmatige keuze aangegeven.
Periodieke kosten geneesmiddelenPrijswijzigingen ten gevolge van GVS-herziening, octrooiverloop of preferentiebeleid kunnen aanleiding zijn om alleen de doelmatigheidsinformatie (fase III) in een richtlijn te herzien.